Здравствуйте! Повышены в лейкоцитарной формуле лимфоциты до 46, нейтрофилы понижены, остальное в норме. О чем …

Либо это проявление воспалительного процесса, либо системное заболевание.
Пересдайте кровь через месяц. Если лимфоциты будут на прежнем уровне или выше - можно сделать их иммунофенотипирование (однако, делают его не везде).

Ответит ли иммунофенотипирование на вопрос о наличии злокачественных заболеваний крови?

Я посмотрела: везде наряду с онкологическими заболеваниями как причина повышения лимфоцитов - воспалительные заболевания, паразиты. и проч. Как ТОЧНО обследоваться, чтобы исключить самое опасное?

Для выработки диагностической тактики нужна полноценная консультация.