Здравтвуйте, подскажите, у меня хронический цистит, но гинеколог сказал что если боли при мочеиспускании не в …

Боль в конце мочеиспускания чаще всего свидетельствует именно о цистите, чаще о его шеечной форме. Также можно думать о цисталгии - заболевании, при котором все признаки цистита появляются на фоне отсутствия воспалительного процесса в мочевом пузыре. Вам необходимо продолжить обследование. Полагаю, что имеет смысл обратиться к другому урологу.

На конкретный вопрос Ирины:
"какие лучше сделать исследования и т. д. "
не менее конкретный ответ
серию анализов мочи, цистоскопию, соскобы на ИППП,
мазки на флору. Возможно посев из уретры.